カスタムメール機能で送ったメールを受信、開封をしたにも関わらず、送信状況のステータスでは「未開封」と表示される。

メーラーの設定により、メールに埋め込まれた画像が読み込まれなかったためと考えられます。

カスタムメールで送信したメールには、見えない画像が埋め込まれており、受信者がメールを開封し、この画像が読み込まれることで、開封ステータスが更新される、という仕様です。
メールを受信されるお客様がご利用されているメーラーの設定によっては、htmlメールでの受信を行っていなかったり、画像を読み込まない設定になっている場合があると思われます。