ご認識の通り、パスワード設定メールを「送信する」にしていると、一括登録と同時に、パスワード設定メールが送信されます。
回避するためには、まずはパスワード設定メールを「送信しない」で登録していただき、その後、メールを送りたいタイミングで、
同じCSV、かつパスワード設定メールを「送信する」に設定したものを、再登録してください。
ユーザー情報は「ユーザーID」を柱に、新規ユーザーかどうかを見分けますため、上記の通り再登録をしていただくことで、ユーザー情報が「上書き保存」され、パスワード設定メールが送られます。